Biobayes Book

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Suite à l'école chercheur BioBayes par un collectif de l'Inra, le projet d'un livre associé a émergé sous la coordination d'Eric Parent. Le titre projeté en est :

Initiation à la statistique bayésienne : Bases théoriques et applications en alimentation, environnement, épidémiologie et génétique.

Les auteurs en sont Isabelle Albert, Sophie Ancelet, Olivier David, Jean-Baptiste Denis, David Makowski, Éric Parent, Andrea Rau et Samuel Soubeyrand. Sont mis à disposition les données, les scripts R, les codes BUGS utilisés dans les exemples et les figures de l'ouvrage.

Plan de l'ouvrage :

1. Bases théoriques
   1. Bases probabilistes utiles
   2. Modélisation probabiliste
   3. Du classique au bayésien
      • bbb.demarche-statistique.general-script.r
   4. La modélisation graphique
   5. Méthodes numériques
      • bbb.methodes-numeriques.general-script.r
      • bbb.methodes-numeriques.chain.txt
      • bbb.methodes-numeriques.simu-metapop.script.r
   6. Evaluation de modèles
      • bbb.DataExemple1constant.txt
      • bbb.DataExemple1inn.txt
      • bbb.DataExemple1innPred.txt
      • bbb.DataExemple1trans.txt
      • bbb.DataExemple1transinn.txt
      • bbb.Exemple1Script.txt
      • bbb.IniExemple1a.txt
      • bbb.IniExemple1a2.txt
      • bbb.IniExemple1a3.txt
      • bbb.IniExemple1b.txt
      • bbb.IniExemple1constant.txt
      • bbb.ModelExemple1constant.txt
      • bbb.ModelExemple1inn.txt
      • bbb.ModelExemple1trans.txt
      • bbb.ModelExemple1transinn.txt
   7. Distribution a priori et élicitation
      • bbb.priors.script-figures.r
      • bbb.elicitation.figure1.r
      • bbb.elicitation.figure2.r
      • bbb.elicitation.figure3.r
2. Cas d'études
   1. Modèle binomial et Listeria
      • bbb.lait-cru.r
      • bbb.lait-cru.modele1.txt
      • bbb.lait-cru.modele2.txt
      • bbb.lait-cru.modele3.txt
   2. Régression pour la processionnaire du pin
   3. Modèle hiérarchique normal
   4. ABC et histoire démographique de bovins
      • bbb.genetique-demographique.DIYABC-README.txt
      • bbb.genetique-demographique.microbovData.txt
   5. Cas d'étude à explorer
      • bbb.cas-etude.genome-data.txt

Tous les programmes et les codes zippés.

Remarque :

• Il est possible que si vous cliquez directement sur un lien, vous obteniez un affichage bizarre et désagréable des caractères accentués, voir même avoir perdu le découpage en lignes. C'est la conséquence de codages ascii étendus différents suivant les systèmes d'exploitation et leurs variantes d'usage des caractères spéciaux. Pour pallier à cette difficulté, nous suggérons (i) de sauver le fichier sur votre disque dur (par exemple à travers le fichier compressé) et de l'ouvrir par un éditeur de texte qui connaît et contourne la difficulté comme emacs... et même MicroSoft Word.
• Tous les noms des fichiers proposés commencent par bbb.. Certains fichiers de programmations font appel à d'autres fichiers. Dans ce cas, il est nécessaire soit de modifier la programmation, soit - plus simple - de retirer le suffixe du nom des fichiers.